При этом церковь жестко подчинялась Совету по делам Русской православной церкви при Совнаркоме, в который был преобразован 5-й отдел 2-го управления НКГБ. Возглавил Совет по делам РПЦ начальник этого отдела полковник (с 1945 года - генерал-майор) госбезопасности Георгий Карпов.
В окружении Сталина разговоры о возможной встрече с иерархами и создании особого государственного органа по связям с Церковью активно велись с начала лета 1943 г. Наркомат Госбезопасности собрал обстоятельные материалы о состоянии Церкви, сведения о ее здравствующих иерархах, патриотической деятельности духовенства и т. д. С ними тщательно ознакомился Сталин, которого интересовали не только взгляды церковных лидеров, но и подробности их личных судеб и быта в годы войны.
Днем 4 сентября 1943 г. на Ближней даче в Кунцево Сталин провел короткое совещание. Присутствовали Г.М. Маленков и Л.П. Берия. Тогда же ему представили полковника Г.Г. Карпова - начальника 4-го отдела III Секретно-политического управления НКГБ СССР как кандидата на пост руководителя органа "по делам церкви". Карпов предложил образовать при Верховном Совете СССР отдел по делам культов, т.е. вернуться к той схеме проведения религиозной политики, что существовала до 1938 г. Сталин отвел это предложение, ссылаясь на обстоятельства военного времени, и заявил о необходимости создания при СНК СССР Совета по делам Русской православной церкви. Из кабинета Сталина Карпов позвонил митрополиту Сергию и задал всего один вопрос: готов ли он вместе с митрополитами Алексием и Николаем к встрече с главой правительства для обсуждения вопросов о положении Русской православной церкви?
Поздним вечером того же дня митрополиты прибыли в Кремль, где были приняты Сталиным в его рабочем кабинете. На встрече присутствовали В.М. Молотов и Карпов. В начале беседы Сталин дал положительную оценку проводимой Церковью патриотической деятельности, после чего предложил иерархам высказаться о насущных проблемах. Митрополиты поставили вопросы, которые следовало разрешить в самые короткие сроки: проведение Архиерейского собора для избрания патриарха; открытие новых церквей и духовных учебных заведений; издание ежемесячного журнала; организация свечных заводов и других производств; предоставление духовенству права быть избранными в исполнительные органы (церковные советы) религиозных обществ; облегчение налогообложения священнослужителей; предоставление приходским обществам права отчислять средства религиозным центрам. Ничто не вызвало возражений со стороны Сталина.
Встретила поддержку и просьба митрополита Сергия о выделении помещения для патриарха и Патриархии. Правда, он говорил об игуменском корпусе Новодевичьего монастыря, а Сталин, указывая на его неблагоустроенность, предложил особняк в Чистом переулке, 5, в котором до войны располагался германский посол Шуленбург. Упреждая вопросы, Сталин подчеркнул, что здание (со всем имуществом в нем) советское и не являлось когда-либо собственностью посольства.
В ходе беседы всплыли и "неудобные" вопросы: о судьбе иерархов, осужденных в разные годы и находившихся в ссылке, лагерях, тюрьмах; о снятии ограничений в прописке и выборе мест проживания для священнослужителей, отбывших наказание. И здесь Сталин не возражал, обещал разобраться в каждом отдельном случае и поручил Карпову лично заняться этим вопросом.
Встреча затянулась почти до двух часов ночи 5 сентября. Молотов предложил сделать общий снимок участников встречи, на что Сталин промолвил, что уже поздно и лучше в следующий раз. Столь необычная встреча осталась без документального снимка. Митрополитов отвезли на правительственной автомашине в дом, что находился в Бауманском переулке, близ Богоявленского (Елоховского) собора, где жил митрополит Сергий.
Спустя несколько часов в Богоявленском соборе прошло торжественное богослужение, после которого Сергий сообщил верующим о ночной встрече и о намеченном на 8 сентября Архиерейском соборе. В тот же день в "Правде" была помещена заметка о приеме Сталиным иерархов. Со своей стороны митрополиты сочли необходимым направить Сталину письмо-благодарность за встречу.
